La loi HPST a instauré un nouveau régime juridique de fondation hospitalière (article L. 6142-7-3 du code de la santé publique) permettant de recueillir des fonds pour dynamiser la recherche, mais le décret d’application n’a été publié que le 21 août 2014. Le décret n° 2016- 211 du 26 février 2016 autorise désormais les CHU à créer leur propre filiale de valorisation et n’a pas manqué de susciter des inquiétudes de la CPU, du CNRS et de l’INSERM qui ont appelé à une concertation préalable avec les principaux partenaires avant toute création. Sans méconnaître leur intérêt, ces nouvelles possibilités offertes aux CHU viennent concurrencer la politique suivie en matière d’organisation de l’enseignement supérieur et de la recherche et compromettent le nouvel équilibre entre universités et organismes que cette politique vise à promouvoir. Après la loi de programme de 2006 pour la recherche, qui a créé l’Agence nationale de la recherche et l’Agence d’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (AERES), la loi relative aux libertés et responsabilités des universités de 2007 a visé à donner aux universités, rendues plus autonomes, des responsabilités accrues en matière de recherche. Le but ultime poursuivi consistait à rapprocher le système français de la norme internationale : des universités accueillant des laboratoires de recherche en leur sein, ayant la maîtrise des recrutements d’enseignants-chercheurs, intégrant des moyens de recherche provenant de sources diverses, notamment d’agences nationales de moyens, dans une stratégie de recherche dont elles assumeraient la responsabilité à titre principal. Les établissements d’enseignement supérieur et de recherche ont été autorisées dans ce cadre à créer des fondations de coopération scientifique, des fondations universitaires et des fondations partenariales, afin de lever des fonds pour la recherche. Cette prolifération de structures à but d’intensification et de valorisation de la recherche a été amplifiée par le programme d’investissements d’avenir (PIA) qui, avec les initiatives d’excellence, a apporté des moyens financiers substantiels à des regroupements de recherche et d’enseignement d’excellence dont les universités étaient les pivots. En outre, quatorze sociétés d’accélération du transfert de technologies (SATT) ont été créées dans les régions pour valoriser les activités de recherche des établissements d’enseignement supérieur et de recherche. Ce risque de dédoublement des nouvelles structures et de mise en concurrence de celles-ci entre elles au niveau local ne pourrait être que dommageable à l’efficience du système hospitalouniversitaire. Pour autant, sur les sites de l’échantillon, cette difficulté a jusqu’ici pu être évitée : à Bordeaux, Strasbourg et Saint-Etienne, le CHU est membre fondateur de la fondation créée à l’initiative de l’université. Les CHU coopèrent également avec les SATT pour valoriser leurs travaux. À Bordeaux, l’université a même choisi de considérer que le CHU pouvait être un de ses représentants au conseil d’administration de la SATT Aquitaine sciences transfert. Compte tenu de sa taille, la problématique est différente pour l’AP-HP, qui a créé en mai 2015 sa propre fondation consacrée à la recherche clinique.